幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的角色为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。来至京都寻找爱人的雪代巴偶遇了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎“心太，你要活下去”难友姐姐用重伤的身体努力遮蔽住男孩，就再也不动了。在同伴逐渐冰冷的体温里，他还不知道这是自己最后一次被人唤作“心太”。以侠客自居的比古清十郎，并没有能及时赶到。等消灭了山贼的时候，就只找到了躲在尸堆里的心太。于是一边吩咐他去附近的村子里寻求帮助，一边盘算着继续赶路。世间的事情总是这样的，没什么大不了。日薄西山时，清十郎回到闹山贼的荒地，发现那里多出了十几座坟墓。“这些都是你做的吗？”男孩用残刀和双手在地上认真刨着，已经没有气力再去理会他。清十郎一一辨认着死尸，发现连山贼和绑架犯也被仔细埋好，非常不以为然。“人死了就只是具尸体了，再没有好坏之分”，心太淡淡地回应道。那一刻，比古清十郎决定要收徒弟。他的流派叫飞天御剑流，就只能收一个徒弟。“你本来的名字太过软弱，从今天起你就叫作剑心”。关于比古清十郎，他的武学修为显然是远在爱徒绯村剑心之上。要证明这个，一方面要看教学水平：他只凭自己一人，在荒地和丛林里完整地教会了徒弟以一敌多的剑法，并且剑心一出山就成为京都内最恶名昭著的剑客“刽子手拔刀斋”，杀人无数。其中不乏有出色的武士。另一方面，日后他与剑心重逢时，用随手捡来的木棍就